2003-2014年报送课题数十项，成功立项的有国家中医药管理局、广东省中医药局、广东省卫生厅、番禺区科技局、广州中医药大学和广东省自然科学基金等，累积立项科研资金已达百万元，获广东省级科研成果1项。 开展了《缺铁在小儿热性惊厥中的作用研究》、《益气养阴方合孟鲁司特治疗小儿咳嗽变异性哮喘临床研究》、《沙参麦冬汤合顺尔宁治疗小儿哮喘缓解期临床研究》、《四君子汤合茵陈蒿汤治疗新生儿黄疸临床研究》、《沙美特罗替卡松吸入剂联合补肺健脾法治疗儿童支气管哮喘缓解期的临床疗效观察》、《自拟敷脐方和神灯照射治疗轮状病毒肠炎的中医护理的临床疗效观察》、《程氏咳嗽方加减联合阿奇霉素治疗肺炎支原体感染性咳嗽的临床观察》等科研项目，探讨了中药联合敷贴等绿色综合疗法为特色的治疗模式。 科室医务人员共撰写发表论文逾百篇，并在优秀论文评比中多次获奖，2007年医院按JCI规范先后投资1000余万元，新建一座占地600平方米的中心实验室，购进实时定量PCR仪、荧光显微镜、研究级倒置显微镜、生物安全柜、电泳系统等仪器设备，为医务工作者搭建了一个公共的科研平台，为基础实验研究和研究生带教工作奠定了良好的基础。